В 21 веке вирус уничтожил большую часть человечества, а оставшихся в живых заставил изолироваться в одном единственном городе, защищенном специальным куполом. Именно там действует таинственный агент Эон Флакс, мотивы которой необъяснимы, а главной целью является видный политический деятель.